Dentro de mi escasa experiencia intentaré aportar.
1. No, no da lo mismo. Por el input estarás coloreando el sonido de tu emulador con las características del Preamp del ampli que uses, color que variará dependiendo, justamente, de cada ampli.
Además, equivale a que microfonearas el gabinete de un ampli (que es parte de lo que simula un emulador) y conectaras ese micrófono al input de otro ampli, lo cual -para mi gusto- suena como el forro. Podrías compensar eso ecualizando a tu gusto, pero aún así me parece un despropósito.
La alternativa sería que apagaras las simulaciones de ampli (incluyendo gabinete) de tu emulador, pero perderías lo que entiendo es precisamente tu objetivo: emular amplis.
En cambio, cuando mandas la señal al loop (al return, específicamente), estás usando solamente el power del ampli, lo que coloreará (y saturará) mucho menos. Esto equivale a si fueras fueras a tocar a un lugar con tu ampli real y te lo microfonearan, conectando ese micrófono al sistema de amplificación del lugar (mesa, cajas activas, etc.).
2. Entiendo que dependerá de cada ampli y del tipo de loop.
3. No he tenido ninguno de esos amplis, pero por mi experiencia te recomendaría más una caja activa.
Por muchos años usé una Digitech RP7 y un Crate GX-60 de los antiguos (conectado al return... de hecho, no tenía loop en sí, pues carecía de send) y si bien me sacó de apuros, no era un sonido que deslumbrara.
Actualmente me he conectado con una HX Stomp al PA de las voces de la sala de ensayo y también a un Randall RG25RXM que me prestó un amigo. Los resultados son notoriamente diferentes, lo que se debe a algo que influye tanto o incluso más que el power mismo: el tipo de parlante.
En el PA (a pesar de que es bien "humilde") el sonido es notablemente más "amplio", se aprecian mejor todas las frecuencias, ya que los parlantes de las cajas son más "planos". En el Randall el sonido es mucho más "recortado", debido a las características propias del rango de frecuencias de un parlante de amplificador de guitarra; tengo que ponerme a re-ecualizar bastante para "recuperar" en algo el sonido que logro conectado al PA.
Tienes que pensar que con un emulador estás simulando parlantes de ampli guitarra y estás mandando ese sonido (microfoneado) a otro parlante de ampli guitarra. No digo que está garantizado que vas a sonar mal, pues al final de trata de gustos, pero quizás tengas que meterle más mano de lo que quisieras para lograr el sonido deseado.
Ahora bien, están los famosos FRFR, habiendo quienes aseguran que es la mejor opción para un emulador, ya que dan un sonido "plano". No lo comparto; tomas 10 FRFR y todas suenan diferente en similares condiciones.
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https://www.youtube.com/watch?v=WteWgQ1lV8A
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https://www.youtube.com/watch?v=OVYGelPsoaY
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https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=ym8KVEQ3lZ4
Por eso sigo pensando que con una caja activa uno igual la hace. Obvio que hay diferentes calidades (y, por ende, precios), con realces y cortes en distintas frecuencias, pero teniendo todas un rango de frecuencias más amplio que el de un parlante de guitarra, ya es cosa de buscar una que se ajuste a las necesidades propias y, si fuera necesario, "pulir" utilizando la ecualización de tu emulador y de la caja misma (si la tiene) para lograr un sonido más que decente.